Το Μουσικό Γυμνάσιο Ιωαννίνων είναι όπως όλα τα Γυμνάσια της χώρας μας. Συγκεκριμένα διδάσκονται τα ίδια ακριβώς μαθήματα Γενικής Παιδείας, με τη διαφορά ότι στο Μουσικό Γυμνάσιο διδάσκονται επιπλέον και μαθήματα Μουσικής Παιδείας, χωρίς όμως να περικόπτονται οι ώρες των άλλων μαθημάτων.
To Μουσικό Γυμνάσιο παρέχει Απολυτήριο ισότιμο και ισόκυρο με αυτό των υπολοίπων Γυμνασίων Β/θμιας Εκπαίδευσης. Οι απόφοιτοι του Μουσικού Γυμνασίου μπορούν, εφόσον το επιθυμούν να συνεχίσουν τη φοίτησή τους στο Μουσικό Λύκειο ή σε οποιοδήποτε άλλο Λύκειο.