Στο Μουσικό Λύκειο Ιωαννίνων λειτουργούν όλες οι κατευθύνσεις σπουδών και μπορεί ο μαθητής – υποψήφιος των Γενικών εξετάσεων να δηλώσει συμμετοχή σε οποιαδήποτε σχολή επιθυμεί, όπως και σε κάθε άλλο Λύκειο. Τα αυστηρώς ολιγομελή τμήματα σε συνδυασμό με την άριστη κατάρτιση των διδασκόντων και την ουσιαστική φροντιστηριακή βοήθεια μέσω του προγράμματος Πρόσθετης Διδακτικής Στήριξης (Ενισχυτικής Διδασκαλίας), το οποίο χρόνια τώρα λειτουργεί στο Σχολείο μας με άριστα αποτελέσματα, έχουν καταφέρει τα πολύ υψηλά ποσοστά επιτυχίας των τελειοφοίτων μαθητών μας σε όλες τις Σχολές, ιδιαίτερα δε στις Μουσικολογικές. Για την εισαγωγή των μαθητών στις Μουσικολογικές Σχολές (ΑΕΙ και ΤΕΙ) υπάρχει ουσιαστικό πλεονέκτημα λόγω της εξέτασης που απαιτείται στα Μουσικά Μαθήματα Επιλογής (Αρμονία και Υπαγόρευση Μουσικού Κειμένου), τα οποία διδάσκονται σε ολιγομελή τμήματα και στις τρεις τάξεις του καθώς επίσης και στο Πρόγραμμμα Ενισχυτικής Διδασκαλίας.